Die einzelnen U-Boote wurden zu so genannten U-Boot-Flottillen zusammen gefasst. Die einzelnen Flottillen wurden unterschieden in Front-  und Übungs-Flottillen. Die insgesamt 1154 deutschen U-Boote die im zweiten Weltkrieg zum Einsatz kamen wurden in 16 verschiedenen Front-Flottillen und 15 Übungs-Flottillen eingesetzt - die einzelnen Boote konnten dabei je nach Bedarf zwischen den verschiedenen Flottillen wechseln.
Eine Flottille ist eine Zusammenfassung verschiedenster U-Boot zu einer organisatorischen Einheit. Diese hat jedoch nichts mit der Zusammenstellung der einzelnen Rudel in Kampfeinsätzen zu tun - diese konnten sich aus Booten der verschiedensten Flottillen zusammenstellen. Lediglich der Heimathafen sowie bei einigen Flottillen ein einheitliches Turmabzeichen ließen es zu, die U-Boote zu den einzelnen Flottillen zu zuordnen.
Jeder Chef einer Flottille unterstand mit seiner Flottille einem Führer der U-Boote (F.d.U.) und diese unterstanden dem Befehlshaber der U-Boote (B.d.U.). Trotz der "langen" Befehlskette hat der B.d.U ständig Kontakt zu "seinen" Kommandanten und den Mannschaften und war somit immer auf dem laufenden was seine U-Boote anging.
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